コウモリと法律｜鳥獣保護管理法・レッドリスト・天然記念物・賃貸物件での対策ガイド

投稿日 2026年2月28日
更新日 2026年3月1日
著者山岸淳一（かわほりプリベント代表）
カテゴリー用語集

かわほりプリベントの山岸淳一です。さて、今日はコウモリと法律の回です。

家の中にコウモリが入り込むと、糞や尿でみなさんお困りになられます。しかし、日本のコウモリは法律で守られているため、勝手に捕まえたり殺したりすることはできません。この記事では、一般の方にも分かりやすく、コウモリに関わる法律と正しい対処法を解説します。

鳥獣保護管理法でコウモリがどう扱われているか

まず、日本に住むコウモリは、すべて鳥獣保護管理法（鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律）の対象となる野生動物です。この法律において鳥獣とは、鳥類又は哺乳類に属する野生動物を指すと定義されています。

コウモリに限らずですが、原則として野生動物は守られていると思ってください。

コウモリが屋根裏に住み着いてフンや尿の被害が出ている場合でも、法律上は原則として保護されるべき存在です。このルールを知らずに対処してしまうと、知らないうちに法律違反になってしまう恐れがあります。

コウモリの捕獲・殺傷の禁止と罰則の基本

この法律の目的は、鳥獣の保護と管理を図り、生物の多様性の確保や生活環境の保全に寄与することです。

コウモリを許可なく捕まえたり（捕獲）、殺したり（殺傷）する行為は原則として禁止されています。これに違反した場合、罰則の対象となる可能性があります。

どうしても捕獲が必要な場合は、農作物被害や生活被害が深刻なときに限り、行政から有害鳥獣捕獲の許可を得る必要があります。

駆除・捕獲・侵入防止｜どこからが違法になるのか

法律が特に厳しく制限しているのは、コウモリを捕まえたり死なせたりする行為です。

コウモリを殺したり捕獲したりする場合は、基本的に事前の許可が必要です。ただし、許可がでるとは限りません。

一方で、建物の隙間を塞いで侵入を防ぐ行為（侵入防止）は、コウモリそのものを捕まえたり殺したりする行為ではないため、多くの場合で捕獲許可を必要としません。実務上は、コウモリが外へ出たタイミングを見計らって入り口を塞ぎ、物理的に戻れなくする方法が推奨されています。

子育て時期（6月下旬〜8月上旬）の施工リスク

ただし、施工の時期には注意が必要です。6月下旬から8月上旬は子育ての時期であり、まだ飛べない赤ちゃんコウモリ（幼獣）が屋根裏に取り残されるリスクがあります。

直ちに違法になるというわけではありませんが、法律の趣旨を鑑みて、また衛生面や倫理的な観点からも、この時期はよほど慎重に、場合によっては作業を延期するなどが必要になります。

環境省レッドリストに掲載されているコウモリ

カテゴリー	種名・地域個体群名
絶滅 (EX)	オキナワオオコウモリ
絶滅 (EX)	ミヤココキクガシラコウモリ
絶滅 (EX)	オガサワラアブラコウモリ
絶滅危惧IA類 (CR)	ダイトウオオコウモリ
絶滅危惧IA類 (CR)	エラブオオコウモリ
絶滅危惧IA類 (CR)	クロアカコウモリ
絶滅危惧IA類 (CR)	ヤンバルホオヒゲコウモリ
絶滅危惧IB類 (EN)	オガサワラオオコウモリ
絶滅危惧IB類 (EN)	オリイコキクガシラコウモリ
絶滅危惧IB類 (EN)	オキナワコキクガシラコウモリ
絶滅危惧IB類 (EN)	リュウキュウテングコウモリ
絶滅危惧IB類 (EN)	コヤマコウモリ
絶滅危惧IB類 (EN)	リュウキュウユビナガコウモリ
絶滅危惧II類 (VU)	ヤエヤマコキクガシラコウモリ
絶滅危惧II類 (VU)	クビワコウモリ
絶滅危惧II類 (VU)	ウスリホオヒゲコウモリ
絶滅危惧II類 (VU)	ホンドノレンコウモリ
絶滅危惧II類 (VU)	クロホオヒゲコウモリ
絶滅危惧II類 (VU)	ヤマコウモリ
絶滅危惧II類 (VU)	モリアブラコウモリ
絶滅危惧II類 (VU)	オヒキコウモリ
情報不足 (DD)	クチバテングコウモリ
情報不足 (DD)	オオアブラコウモリ
情報不足 (DD)	ヒメヒナコウモリ
情報不足 (DD)	スミイロオヒキコウモリ
絶滅のおそれのある地域個体群 (LP)	波照間島のカグラコウモリ
絶滅のおそれのある地域個体群 (LP)	与那国島のカグラコウモリ
絶滅のおそれのある地域個体群 (LP)	四国のチチブコウモリ
絶滅のおそれのある地域個体群 (LP)	本州のチチブコウモリ
絶滅のおそれのある地域個体群 (LP)	紀伊半島のシナノホオヒゲコウモリ
絶滅のおそれのある地域個体群 (LP)	中国地方のシナノホオヒゲコウモリ
絶滅のおそれのある地域個体群 (LP)	近畿地方以西のウサギコウモリ

国指定天然記念物のコウモリと生息地の保護

他にも文化財保護法に基づき、一部のコウモリやその生息地が国指定天然記念物として保護されています。
種そのものが指定されている例としては、小笠原諸島固有のオガサワラオオコウモリが挙げられ、1969年に国の天然記念物に指定されています。

また、クビワオオコウモリの亜種であるエラブオオコウモリなど、一部の亜種が天然記念物に指定されている例もあります。
さらに、岩手県の「岩泉湧窟及びコウモリ」や山梨県の「西湖蝙蝠穴およびコウモリ」のように、洞窟とそこに生息するコウモリ類を一体として天然記念物に指定し、生息地そのものを保全するケースもあります。

このように、日本ではコウモリの保護において、個々の種だけでなく、繁殖・越冬に不可欠な洞窟や森林環境を含めて保全する仕組みが整えられており、生息環境ごと保護することで長期的な存続を図っています。

長野県に生息するコウモリ19種とレッドリスト一覧

参考として、長野県に生息しているコウモリ19種と長野県と環境省のレッドリスト表を記載します。お住まいの都道府県によって生息種やレッドリストは変わりますので、必要に応じて確認してください。

和名	長野県レッドリスト	環境省レッドリスト
オヒキコウモリ	情報不足	絶滅危惧II類
ニホンキクガシラコウモリ	―	―
コキクガシラコウモリ	―	―
ユビナガコウモリ	絶滅危惧IB類	―
コヤマコウモリ	―	絶滅危惧IB類
ヤマコウモリ	絶滅危惧II類	絶滅危惧II類
アブラコウモリ	―	―
モリアブラコウモリ	情報不足	絶滅危惧II類
ヒナコウモリ	絶滅危惧IB類	―
クビワコウモリ	絶滅危惧IB類	絶滅危惧II類
チチブコウモリ	絶滅危惧IB類	地域個体群
ニホンウサギコウモリ	絶滅危惧II類	―
テングコウモリ	―	―
コテングコウモリ	絶滅危惧IB類	―
クロホオヒゲコウモリ	絶滅危惧IB類	絶滅危惧II類
ヒメホオヒゲコウモリ	絶滅危惧IB類	―
モモジロコウモリ	―	―
カグヤコウモリ	絶滅危惧IB類	―
ノレンコウモリ	絶滅危惧IB類	絶滅危惧II類

（出典：コウモリの会編『識別図鑑日本のコウモリ』［文一総合出版，2023］、長野県版レッドリスト、環境省レッドリスト）

レッドリストのコウモリの３種の写真

実際にレッドリストのコウモリを写真で紹介します。これらはすべて環境省や長野県など必要な許可を取得の上、合法的に撮影したものです。

1. クビワコウモリ

樹皮の上で静止するクビワコウモリのクローズアップ。種の特徴である首回りの琥珀色の毛と、厚みのある吻部（鼻先）、黒く光る目が鮮明に写っている。 — クビワコウモリ（学名：Eptesicus japonensis）。乗鞍高原に世界的にも貴重な繁殖コロニーを持つ日本固有種。環境省および長野県レッドリストで絶滅危惧IB類（EN）に指定されている。長野県松本市で撮影。

2. コテングコウモリ

ふかふかとした毛に覆われ、丸まって休むコテングコウモリ。名前の由来である管状に突き出した特徴的な鼻先（外鼻孔）が正面から捉えられている。 — コテングコウモリ（学名：Murina ussuriensis silvatica）。長野県レッドリスト絶滅危惧IB類。長野県松本市で撮影。

3.　ニホンウサギコウモリ

体長に匹敵するほどの巨大な耳を垂直に立てたニホンウサギコウモリの正面図。白っぽい腹部の毛と、大きな耳の複雑な脈構造が見て取れる。 — ニホンウサギコウモリ（学名：Plecotus auritus sacrimontis）。圧倒的な長さの耳が最大の特徴。長野県レッドリスト絶滅危惧II類。長野県松本市で撮影。

上記のように多くのコウモリたちがレッドリストに記載されています。法令違反にならぬよう、また絶滅危惧種を守るためにも、コウモリの駆除や追い出しには、コウモリの種の同定は必須です。

長野県のコウモリについては、別記事で詳しく書いています。

長野県のコウモリ全19種一覧｜生態・レッドリストから住宅被害の対策まで専門家が解説

環境省レッドリストだけでは不十分な理由

前のセクションで記載した長野県のコウモリ一覧でわかるように、日本の野生動物の中には、環境省レッドリストには載っていなくても、都道府県レベルでは絶滅危惧種や希少種として扱われているものが多数あります。コウモリも例外ではなく、国のリストでは無印の種が、特定の自治体では要注目種になっているケースが少なくありません。

都道府県レッドリスト・レッドデータブックの確認方法

実際に工事や駆除、管理を検討する際には、以下の三つを併せて確認してください。

環境省レッドリスト（国）
日本のレッドデータ検索システム
お住まいの都道府県が公表しているレッドリスト・レッドデータブック

島嶼部・山間部の小さな個体群で起こりやすい問題

特に島嶼部や山間部では、ごく狭い範囲に住む小さな個体群が県レベルで重要種とされていることがあり、地元のリストを見落とすと重大な過失につながる恐れがあります。

動物由来感染症とコウモリ｜国内外のリスク認識

コウモリはさまざまなウイルスや菌の宿主となる可能性があるため、公衆衛生の面からも法的に管理されています。

外国産コウモリの輸入規制と飼育に関する制限

感染症法などに基づき、国外からのコウモリの輸入は原則として禁止・制限されています。日本国内において、現時点でコウモリ由来の人への感染症例は報告されていませんが、野生動物全般との不用意な接触は避けるべきです。万が一咬まれた場合には、速やかに医療機関へ相談してください。

対処が難しいアパートやマンションなど賃貸物件の場合の話をしておきます。

賃貸物件の場合、建物の所有権や管理権が関わるため、対処の仕方が一軒家とは異なります。原則として、建物はオーナー（貸主）の所有物です。管理権は管理会社などにあります。

入居者（借主）から我々業者に依頼があっても、勝手にコウモリ対策を行うことはできません。オーナーや管理会社様から依頼があって動くことが原則です。

賃貸アパート・マンションでコウモリ被害が出たときの流れ

管理会社・オーナーへの報告

自分で業者を呼ぶ前に、まずは管理会社やオーナーに状況を伝えます。

状況確認と手配

オーナー側が状況を確認し、必要に応じて専門業者へ対策を依頼します。

正式な施工

業者はオーナー側からの正式な依頼を受けて、法的に適切な作業を行います。

入居者が勝手に工事してはいけない理由

入居者が独断で建物の構造に手を加えると、退去時のトラブルに発展する可能性があります。まずは管理会社等と協議し、法的に正しい追い出しと侵入防止の措置を講じてもらうことが重要です。

追い出し行為と捕獲行為の線引き

皆さんがお住いの一般住宅にコウモリが侵入した場合の対応は、前提となる法律の適用範囲と実務が少し異なります。

結論から言えば、コウモリを「追い出す」だけであれば、許可申請は不要です。
鳥獣保護管理法が原則として禁止しているのは、「捕獲」と「殺傷」にあたる行為だからです。

許可が不要な行為（追い払い）
窓を開ける、ほうきで出口へ誘導する、音や光で外へ促すといった非致死的な追い払いは、捕獲・殺傷には該当しません。
禁止されている行為（捕獲・殺傷）
許可なく罠で捕まえる、薬剤で殺す、棒で叩き落とすといった行為は、「捕獲」「殺傷」に当たり、法律違反となる可能性があります。

コウモリ対策のプロとしてのスタンスと法律

私たち対策業者は、法令遵守はもちろんのこと、野生動物と向き合うプロとして「傷つける必要のない個体は、可能な限り無傷で外へ出す」ことを基本理念としています。
単に「殺さなければ良い」という話ではなく、法の趣旨である「野生鳥獣の保護と適正な管理」に沿い、人間との共生を壊さないラインを意識することが重要です。

この一線を越えてしまうと、悪意がなくとも鳥獣保護管理法違反として罰則の対象となる恐れがありますから、一般の方にも十分注意していただきたいポイントです。

コウモリが室内に迷入してしまった場合の対応

自宅内であっても、厳密には「捕獲」が問題になる可能性がある点は押さえておくべきです。

コウモリに室内から出てもらう必要がある場合は、コウモリに危害を与えないよう、窓を開ける・室内を暗くして外を明るくする・ゆっくり出口方向へ誘導するなど、「静かに外へ誘導する方法」を選択するのが望ましいと考えています。

私は、コウモリ対策の現場実務と並行して、長野県内で学術目的のコウモリの研究も行っています。
どちらの活動も法律が深く関わりますが、目的や行為の内容によって、申請先や必要な許可の種類は大きく異なります。

研究目的の捕獲許可

研究目的の場合、種の同定のために、体重・前腕長の計測などが必要で、コウモリを捕獲することがほぼ必須となります。
こうした「捕獲を伴う調査」には、捕獲行為そのものへの許可に加え、使用する器具に応じた許可や届出が必要です。

調査地（国立公園・民有地など）ごとに変わる申請先

また、調査場所が国立公園や鳥獣保護区なのか、民有地なのか、河川・道路施設なのかによっても、環境省、都道府県、市町村、施設管理者など、申請先の窓口は変わってきます。

参加者名簿と「触れてよい人」の範囲

研究目的の捕獲許可は、所属機関や研究計画の妥当性が審査されます。
申請時には調査参加者の名簿提出が求められることも一般的で、その名簿に記載のない同行者がコウモリに触れることは認められません。

コウモリについての行政の相談先

コウモリは、鳥獣保護管理法やレッドリストなど複数の法律が絡みます。その判断は個人では難しい場合が多いと思います。

コウモリだけを専門に扱う窓口は、通常は設けられていません。各都道府県の出先機関（鳥獣保護管理法担当部署）及び市役所（野生動物担当や自然保護部署）が担当となることが多いです。

例えば長野県の場合は、各地域の合同庁舎にある地域振興局林務課（有害鳥獣担当）や、各市役所の有害鳥獣及び野生動物担当です。

行政に相談したい場合は、地域にある各都道府県の出先機関（合同庁舎等）又は、市役所にご相談ください。

家にいるコウモリを勝手に捕まえたり、駆除してもいいですか？

いいえ。日本のコウモリは鳥獣保護管理法で守られた野生動物です。無許可で捕獲したり殺傷したりする行為は原則として禁止されており、違反すると罰則の対象となる恐れがあります。

コウモリを家から追い出すだけでも法律違反になりますか？

窓を開けたり、音や光で外へ誘導するなどの非致死的な追い払いは捕獲や殺傷には該当しないため、原則として許可は不要です。外へ出た後に入り口を塞ぐ対策も合法的に行えます。

ただし、絶滅危惧種の場合はこの限りではありません。相当慎重な対応が必要になります。

個人で対応は難しいと思いますので、行政の自然保護課、又は地域のコウモリ専門業者にご相談ください。

コウモリの侵入を防ぐ作業はいつでも行って大丈夫ですか？

6月下旬から8月上旬はコウモリの子育て時期です。この時期に侵入口を塞ぐと飛べない赤ちゃんコウモリが内部に取り残されるリスクがあるため、作業時期は慎重に判断する必要があります。

賃貸物件でコウモリ被害に遭った場合はどうすればいいですか？

ご自身で専門業者を呼ぶ前に、まずは管理会社やオーナーに状況を報告してください。建物の構造に関わる対策はオーナー側の依頼で行う必要があり、入居者の独断で行うとトラブルの原因になります。

行政に自宅のコウモリについての相談をしたいのですが、どこに相談すればいいですか？

都道府県であれば、各都道府県の出先機関野生動物担当又は鳥獣保護管理法担当部署。

市役所であれば、野生動物担当や自然保護部署が担当となることが多いです。

その地域の組織によって名称などがちがいますので、都道府県庁や市役所に問い合わせていただき、担当部署を案内してもらうのが一番いいと思います。

環境省：レッドリスト・レッドデータ

環境省. 「【哺乳類】環境省レッドリスト2020」（PDF）
https://www.env.go.jp/content/900515981.pdf
環境省生物多様性センター. 「レッドリスト・レッドデータブック – RL/RDB」
https://ikilog.biodic.go.jp/Rdb/booklist
環境省生物多様性センター. 「哺乳類解説（レッドデータブックPDF）」
https://ikilog.biodic.go.jp/rdbdata/files/explanatory_pdf/21mam.pdf

環境省：鳥獣保護管理・狩猟制度・保護区

環境省. 「狩猟制度の概要 || 野生鳥獣の保護及び管理」
https://www.env.go.jp/nature/choju/hunt/hunt2.html
環境省. 「国指定鳥獣保護区の保護に関する指針について」（PDF）
https://www.env.go.jp/council/12nature/y125-01/900434396.pdf